É possível duas autuações, por dois órgãos diferentes, pelo mesmo fato (crime ambiental)? 

Mesmo comprovada a existência de infração ambiental, a lavratura de dois Autos de Infração Ambiental, ou do AIA para mais de uma pessoa (PF ou PJ), pelo mesmo fato, caracteriza violação ao princípio do non bis in idem. 

O non bis in idem é um princípio de Direito Penal e Processual Penal, pelo qual, ninguém deve ser sancionado ou processado mais de uma vez pelo mesmo fato.

Este princípio protege o particular que enfrenta o poder punitivo do Estado, tanto na esfera jurisdicional, como no campo administrativo. 

LC 140/2011
Art. 17. Compete ao órgão responsável pelo licenciamento ou autorização, conforme o caso, de um empreendimento ou atividade, lavrar auto de infração ambiental e instaurar processo administrativo para a apuração de infrações à legislação ambiental cometidas pelo empreendimento ou atividade licenciada ou autorizada.

§ 1° Qualquer pessoa legalmente identificada, ao constatar infração ambiental decorrente de empreendimento ou atividade utilizadores de recursos ambientais, efetiva ou potencialmente poluidores, pode dirigir representação ao órgão a que se refere o caput, para efeito do exercício de seu poder de polícia.

§ 2° Nos casos de iminência ou ocorrência de degradação da qualidade ambiental, o ente federativo que tiver conhecimento do fato deverá determinar medidas para evitá-la, fazer cessá-la ou mitigá-la, comunicando imediatamente ao órgão competente para as providências cabíveis.

§ 3° O disposto no caput deste artigo não impede o exercício pelos entes federativos da atribuição comum de fiscalização da conformidade de empreendimentos e atividades efetiva ou potencialmente poluidores ou utilizadores de recursos naturais com a legislação ambiental em vigor, prevalecendo o auto de infração ambiental lavrado por órgão que detenha a atribuição de licenciamento ou autorização a que se refere o caput. (Vide ADI 4757)

De acordo com o Art. 17 da LC 140/2011 cabe ao órgão licenciador a lavratura de AIA, contudo, resta, de forma supletiva, a atribuição aos demais órgãos competentes.

A Ação Direta de Inconstitucionalidade (ADI) 4757, em relação ao § 3º do art. 17 da Lei Complementar nº 140/2011, esclarece que a prioridade do auto de infração emitido pelo órgão originalmente responsável pelo licenciamento ou autorização ambiental não impede a atuação supletiva de outro ente federado, desde que seja comprovada a omissão ou insuficiência na fiscalização.