https://www.gov.br/ibama/pt-br/servicos/taxas/tcfa/sobre-a-tcfa#o-que-e

O atraso no pagamento da TCFA pode acarretar: 

A Instrução Normativa n. 17/2011 prevê:

• a aplicação de juros de mora equivalente à variação da taxa SELIC, verificada a partir do primeiro dia do mês subsequente ao do vencimento, até o mês anterior ao pagamento e de 1% (um por cento) no mês em que este ocorra;
• multa de mora de 0,33% (trinta e três centésimos porcento) por dia de atraso, limitada a 20% (vinte por cento);
• encargo legal substitutivo da condenação do devedor em honorários advocatícios após a inscrição do débito em dívida ativa de 10% (dez por cento) sobre o total inscrito e 20% após a propositura da Execução Fiscal.

Ainda, o título em atraso poderá ser levado a protesto em cartório: 

Lei n° 9.492/1997:

Art. 1º Protesto é o ato formal e solene pelo qual se prova a inadimplência e o descumprimento de obrigação originada em títulos e outros documentos de dívida.

Parágrafo único. Incluem-se entre os títulos sujeitos a protesto as certidões de dívida ativa da União, dos Estados, do Distrito Federal, dos Municípios e das respectivas autarquias e fundações públicas.

Em caso de protesto, poderá entrar em contato com o IBAMA, realizar o pagamento ou parcelamento da dívida, pagar os emolumentos cartorários e solicitar a retirada do protesto.

Também pode realizar o pagamento da dívida diretamente no cartório, o que resultará na extinção do protesto (retirada da negativação). Nesse caso, deverá ser pago o valor integral da dívida.